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基于全基因组的荷花SBP基因家族的生物信息学及表达分析

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目的:在全基因组水平上对荷花SB P基因家族进行生物信息学及表达分析.方法:采用生物信息学的方法,对荷花SB P基因家族成员进行基本理化性质分析和保守结构域分析;对荷花SB P基因编码的蛋白质序列与拟南芥SBP家族成员进行多序列比对并构建系统进化树分析进化关系;对家族成员启动子上游序列进行顺式作用元件分析;基于转录组数据库,对基因家族成员开展组织表达模式分析.结果:在荷花中共鉴定出20个SBP家族成员(NnSBP1～NnSBP20),均具有典型的3个保守结构域,包括2个锌指结构和1个核定位信号,家族中80％ 的基因编码碱性蛋白,亚细胞定位预测16个荷花SBP蛋白定位于细胞核,4个蛋白定位在细胞外,长度为189～1085 aa,分子质量为21404.02～120066.40 Da,等电点为5.81～9.38,划分为8个亚类,20个基因家族成员不均匀地分布在8条染色体上.荷花S B P基因家族成员具有组织特异性表达特性.顺式作用元件分析表明,荷花SB P基因家族成员包含光响应、厌氧诱导、相关激素响应、胁迫响应等元件,推测家族成员在激素调控和胁迫响应中发挥重要功能.结论:分析结果为深入研究荷花SB P基因家族成员在生长发育和胁迫响应中的生物学功能奠定理论基础.
Bioinformatics and Expression Analysis of Lotus SBP Gene Family Based on Whole Genome

曹小汉、邓贤会、毛惠敏、殷丹丹、闫欢、万文阳、任莉萍

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阜阳师范大学生物与食品工程学院 ,安徽阜阳 236037

荷花 SBP转录因子 生物信息学分析 表达分析

安徽省自然科学基金面上项目安徽省高等学校自然科学研究重点项目阜阳市政府-阜阳师范学院横向合作项目

1708085MC84KJ2021A0677XDHX201744

2022

10.19608/j.cnki.1673-8772.2017.1029

安徽科技学院学报
安徽科技学院

安徽科技学院学报

影响因子：0.434
ISSN：1673-8772
年,卷(期)：2022.36(2)
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