摘要
为探究枫叶鲑的亲本来源及杂种抗病优势,采用Illumina高通量测序技术对枫叶鲑的胸腺和头肾组织转录组进行测序分析.结果获得胸腺组织原始数据8224345800 bp,拼接获得169204条单基因序列(Unigene);头肾组织原始数据7409864400 bp,拼接获得132292条Unigene.利用生物信息学方法对Unigene进行NR库相似搜索,还进行了GO、KOG和KEGG分类注释.通过比对线粒体DNA(mtDNA)基因序列发现,枫叶鲑与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)的线粒体基因同源性达99％以上,可判定枫叶鲑母本是虹鳟;E3、TNF-α、IGM等基因的同源性在大鳞大麻哈鱼(Oncorhynchus tshawytscha)中比虹鳟高,推测枫叶鲑父本可能是大鳞大麻哈鱼.对免疫相关基因分析发现,IgM、TNF-α和T、B淋巴细胞相关基因序列与父、母本同源性均较高,因此初步判定枫叶鲑抗病优势是父、母本双方杂交的结果.通过转录组分析杂交种的抗病优势存在盲区,但该技术可以快速判断父、母本的来源,获得大量遗传信息,优势明显.
基金项目
海南热带海洋学院崖州湾创新研究院开放课题(2022CXYK-FKT06)
海南省自然科学基金(322RC716)
海南省自然科学基金(422MS083)
海南热带海洋学院引进人才科研启动资助项目(RHDRC202119)
海南热带海洋学院引进人才科研启动资助项目(RHDRC202206)
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