摘要
为鉴定水牛长链脂酞辅酶A合成酶(long-chain fatty Acyl-CoA synthetases,ACSLs)的家族成员并探究该基因家族在泌乳方面的功能,通过生物信息学技术对水牛ACSL基因家族进行了motif、基因结构分析、共线性分析、不同物种系统进化分析,运用qPCR技术检测ACSLs在不同组织的mRNA表达量.结果表明:水牛ACSL基因家族共有5个家族成员并分别命名为bbu.ACSL1、bbu.ACSL3、bbu.ACSL4、bbu.ACSL5和bbu.ACSL6.染色体分布情况结果显示:bbu.ACSL1位于1号染色体,bbu.ACSL3位于2号染色体,bbu.ACSL4位于25号染色体,bbu.ACSL5位于23号染色体,bbu.ACSL6位于9号染色体.这5个ACSL氨基酸数在699～722 aa,所有蛋白的等电点除ACSL6外均大于7.00.Motif分析发现,除ACSL3和ACSL4缺少motif8 外,其余均含有预测出的Motif 1～10,且排序相同.物种内共线性分析结果显示,水牛和普通牛中均不存在串联重复和片段重复,种间共线性分析结果显示,水牛ACSL与普通牛ACSL存在4对片段重复基因.不同物种ACSL系统发育分析显示,ACSL基因家族具有较高的保守性,其中水牛与普通牛和牦牛的聚类更为相近.不同组织表达量分析发现ACSL1、ACSL3在乳腺组织的mRNA表达量高于其他组织,ACSL6在大脑的mRNA表达量高于其他组织,ACSL4 在肺部的mRNA表达量高于其他组织,ACSL5在肝的mRNA表达量高于其他组织.根据RNA-seq测序结果分析不同泌乳时期表达量结果显示,ACSL1 在整个泌乳期均有高表达量,尤其是在泌乳第50、140和280天.ACSL3和ACSL5 在泌乳第7 天和第50 天高表达,但随着泌乳天数增加,表达量降低.ACSL4和ACSL6在泌乳第7天表达量最高,但在整个泌乳期的表达量均远低于该家族的其他3个成员.
基金项目
广西壮族自治区科技重大专项(桂科AA22068099-2)
广西壮族自治区科技重大专项(桂科AA22068099-9)
广西人才基地项目(桂科AD19259009)
广西自然科学基金(2022GXNSFAA035588)
现代农业产业技术体系建设项目广西奶水牛产业创新团队项目(nycytxgxcxtd-2021-21-01)
广西水牛研究所基本科研业务费项目(200514)
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