安徽农业科学2024,Vol.52Issue(19) :77-80.DOI:10.3969/j.issn.0517-6611.2024.19.017

黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析

Mitochondrial Gene Structure Analysis of Bactrocera (Zeugodacus) scutellaris

黄振 郭琼霞
安徽农业科学2024,Vol.52Issue(19) :77-80.DOI:10.3969/j.issn.0517-6611.2024.19.017

黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析

Mitochondrial Gene Structure Analysis of Bactrocera (Zeugodacus) scutellaris

黄振 1郭琼霞2
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作者信息

  • 1. 福州长乐机场海关,福建福州350209
  • 2. 福州海关技术中心,福建福州 350001
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摘要

为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tR-NAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据.

Abstract

In order to explore the mitochondrial genome gene structure of Bactrocera(Zeugodacus)scutellaris,based on the measured mito-chondrial whole genome of B.(Z.)scutellaris,the values of ATskew=(A-T)/(A+T)and GC skew=(G-C)/(G+C)of 13 protein-coding genes(PCGs)and 22 trnA genes in the whole mitochondrial genome were measured by DNAMAN V6 software. Win32 CodonW software was used to analyze the number of protein gene codons and the frequency of synonymous relative codon RSCU values. MITOS WebServer and tr-nAscan-SE 2.0 software were used to analyze the secondary structure of trnA,providing evidence for species diagnosis,phylogeny and evolu-tionary biology.

关键词

黑漆实蝇/线粒体全基因组/相对密码子使用频率/trnA基因二级结构

Key words

Bactrocera (Zeugodacus) scutellaris/Mitochondrial whole genome/Relative codon usage frequency/Secondary structure of trnA gene

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基金项目

福建省自然科学基金项目(2011J01066)

福建省自然科学基金项目(2012JO1061)

福州海关科研项目(FK2022-09)

出版年

2024
安徽农业科学
安徽省农业科学院

安徽农业科学

影响因子:0.413
ISSN:0517-6611
参考文献量10
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