现利用正交设计L16(45)探讨DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶对石榴ISSR-PCR反应体系的影响,首次应用加权平均法及百分制对正交实验结果进行评分,并应用DPS数据处理系统进行数据分析;同时对石榴ISSR-PCR最佳反应体系进行退火温度梯度试验.结果表明:适合石榴的ISSR-PCR最优反应体系(25 μL)为:Mg2+1.75 mmol/L、dNTPs 0.15 mmol/L、Taq DNA聚合酶 1 U、引物 0.8 mmol/L、DNA模板 20 ng;引物UBC 811的最适退火温度为51.2℃,且最适退火温度因引物而异.