以大葱嫩叶为试材,采用单因素试验和正交实验探讨了Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量、模板DNA以及Buffer用量对大葱ISSR-PCR扩增的影响,建立了大葱ISSR反应体系.结果表明:优化后的最佳反应体系为10μL反应体系中,10×Buffer缓冲液1.0μL,Mg2+浓度为2.0 mmol·L-1,dNTPs浓度为0.3 mmol·L-1,引物浓度为0.65 μmol·L-1,Taq酶1.0U,模板DNA为60 ng,用灭菌的超纯水补齐体积至10μL.对大葱71份样品材料进行ISSR-PCR扩增体系的检测结果显示,该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高,为大葱种质ISSR分子标记遗传结构分析提供参考依据.