摘要
以蒙古韭为试材,采用Illumina NovaSep高通量测序技术对叶绿体基因组进行测序,MISA v1.0软件对叶绿体基因组微卫星进行搜索,研究了蒙古韭叶绿体微卫星特征,以期为蒙古韭的鉴定、居群遗传学研究和系统发育研究提供参考依据.结果表明:在蒙古韭153 376 bp的叶绿体全基因组序列上共识别出260个SSR位点,平均每590 bp出现一个,主要分布于大拷贝区.cpSSR重复序列共有5种类型,其中单碱基重复序列最多,为181个,约占重复序列总量的66.79％,其次是三碱基重复序列,共65个,约占重复序列总量的23.99％,五碱基最少,仅占0.37％.cpSSR长度区间为8～29 bp,从整体来看,主要集中在8～10 bp,在该范围内共有197个,占SSR总数的75.77％;长度≥20 bp的有9个,结果表明蒙古韭叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有多态性的潜能.
基金项目
青海省自然科学基金资助项目(2019-ZJ-984Q)
维普
万方数据