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枣果胶甲酯酶基因家族鉴定及基于RNA-Seq表达分析

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[目的]果胶是植物细胞壁的主要成分和结构多糖.果胶甲酯酶(PME)是一种重要的果胶修饰酶,具有调节细胞壁弹性和通透性的作用,在植物的生长发育过程中发挥作用.本研究探讨枣果胶甲酯酶基因家族的基本信息和特点,为进一步阐明ZjPMEs基因的功能、筛选果实质地密切相关基因奠定基础.[方法]本研究基于'冬枣'基因组,鉴定枣基因组中的果胶甲酯酶基因;基于RNA-Seq数据,分析枣果胶甲酯酶基因家族的特征以及表达模式.[结果]共鉴定出46个枣果胶甲酯酶基因,不均匀分布在10条染色体上.系统演化分析表明这些基因包含29个Type-Ⅰ型和17个Type-Ⅱ型成员,进一步可以划分为4个亚家族.在每个亚家族中,基因共享保守的基因结构和基序组成.基因表达分析显示该家族基因在花中表达丰度较高,可能在枣的生殖发育过程起重要作用.通过分析该家族基因在不同质地的'冬枣'(酥脆)和'P15'(硬质)以及在不同用途的'冬枣'(鲜食)和'骏枣'(制干)果实发育过程中的表达模式,筛选出与枣果实质地关系密切的基因ZjPME 18,该基因在'P15'和'骏枣'果实中表达量较高.[结论]枣果胶甲酯酶基因家族具有特定的结构特征及表达模式,ZjPME 18的表达与调控可能与枣果实质地密切相关.
Identification and expression analysis based on RNA-Seq of the pectin methylesterase gene family in Ziziphus jujuba

王雪、宋爽、李美育、薄文浩、李颖岳、庞晓明、曹明

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北京林业大学林木分子设计育种高精尖创新中心,北京 100083

河北省沧县国家枣树良种基地,河北 沧州 061000

枣 果胶甲酯酶 基因家族 表达模式

国家科技计划重大专项课题

2018YFD1000607

2021

10.12171/j.1000-1522.20200338

北京林业大学学报
北京林业大学

北京林业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.237
ISSN：1000-1522
年,卷(期)：2021.43(4)
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