北京农学院学报2021，Vol.36Issue(2) ：6-10.DOI:10.13473/j.cnki.issn.1002-3186.2021.0202

ssc-miR-17-3p调控脂肪沉积的靶基因生物信息学分析

Bioinformatics analysis of target genes regulated by ssc-miR-17-3p in fat deposition

赵志显 邢凯 常雪蕊 齐晓龙 盛熙晖 倪和民 王相国 肖龙菲 王楚端 郭勇
北京农学院学报2021，Vol.36Issue(2) ：6-10.DOI:10.13473/j.cnki.issn.1002-3186.2021.0202
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ssc-miR-17-3p调控脂肪沉积的靶基因生物信息学分析

Bioinformatics analysis of target genes regulated by ssc-miR-17-3p in fat deposition

赵志显 1邢凯 1常雪蕊 1齐晓龙 1盛熙晖 1倪和民 1王相国 1肖龙菲 1王楚端 2郭勇1
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作者信息

  • 1. 北京农学院动物科学技术学院,北京102206
  • 2. 中国农业大学动物科学技术学院,北京100193
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摘要

[目的]找到与猪脂肪沉积相关的候选靶基因,为ssc-miR-17-3p参与脂肪沉积调控机制研究提供相关理论依据. [方法]利用miRDB,miRWalk和TargetScan数据库获得了miRNA-17-3p候选靶基因;利用DAVID和KOBAS数据库对候选靶基因进行了KEGG/GO功能富集分析,并通过Cytoscape可视化工具构建了其可能参与的调控网络.[结果]结果表明,ssc-miR-17-3p候选靶基因TSTD2、CSDE1、SCGB1 D1、TEAD1、GPD2、NFATC3、MBNL1、PPP1R12B、CAMK2D、HBEGF、LRRC28、UBE2D4、MAP4与脂肪沉积有关.GPD2、CAMK2D、HBEGF等可能在催产素信号通路、MAPK信号通路、GnRH信号通路,以及脂质代谢、甘油磷脂代谢、糖醇代谢、大分子代谢,细胞代谢等过程发挥了作用.[结论]ssc-miR-17-3p可能通过调控多个靶基因,信号通路和生物过程影响脂肪的沉积与代谢,其功能有待进一步实验室试验验证.

关键词

ssc-miR-17-3p/脂肪沉积/靶基因预测/调控机制

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基金项目

国家重点研发计划资助(2018YFD0501000)

生猪产业技术体系北京市创新团队(BAIC02-2020)

北京市教委2019年度科技计划一般项目(KM201910020010)

出版年

2021
北京农学院学报
北京农学院

北京农学院学报

影响因子：0.539
ISSN：1002-3186
被引量1
参考文献量7
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