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沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析

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为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征,本研究利用 PacBio Sequel 测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析,结果共获得 323 309 个 clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673 540 个,预测得到蛋白编码区(CDS)序列 28 447 个;MISA软件共搜索得到沙鞭 93 563 个简单重复序列(SSR),分布于 56 824条unigene上;转录本基因功能注释,共有 166 541 条序列得到NR注释,结果显示沙鞭与二穗短柄草(Brachypodi-um distachyon)亲缘最近;KOG数据库比对将 97 892 个 unigene分为 25 个功能类别,其中注释较多的功能为翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣;GO数据库比对共注释到 87 930 个 unigene,分为生物过程、细胞组成和分子功能3 大类及 62 个亚类分支;KEGG结果表明碳水化合物代谢、信号转导、能量代谢通路中注释基因较多.本研究结果丰富了沙鞭的遗传信息,为今后沙鞭关键耐旱基因的挖掘提供了理论依据.
Full-length Transcriptome Sequencing and Bioinformatic Analysis of Psammochloa villosa(Poaceae)

毛轩睿、苏旭、刘玉萍、刘涛、陈金元、胡夏宇、杨萍、李小莉、袁园

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青海师范大学生命科学学院,青海 西宁 810008

青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,青海 西宁 810016

青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室,青海 西宁 810008

青海师范大学青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室,青海 西宁 810008

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禾本科 沙鞭 全长转录组 功能注释 SSR

青海省自然科学基金面上项目国家自然科学基金2023大学生创新创业训练计划项目

2022-ZJ-91832160297qhnucxcy2023052

2023

10.11733/j.issn.1007-0435.2023.06.009

草地学报
中国草学会

草地学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.156
ISSN：1007-0435
年,卷(期)：2023.31(6)
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