首页|应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析

应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析

扫码查看
原文链接
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
利用生物信息学手段,从NCBI中dbEST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析.采用DNASTAR软件中的Seq-Man程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得出2267个叠连群,长度计628 444 bp,发现342个叠连群共含有1 083个候选SNP位点.经统计分析SNP位点平均出现频率为0.17％,平均580.28个bp含有1个SNP位点,每个叠连群含有3.25个SNP位点.不同叠连群SNP位点个数差异较大,其中含SNP位点最多的叠连群共有22个SNP位点.突变中转换和颠换类型差异较大,数量分别为655和408,插入缺失为20个,分别占SNP位点总数的60.5％、37.7％、1.8％.通过对SNP位点所在核酸序列的同源比对分析发现共有1 021个SNP位点所在的核酸序列与同属植物铁皮石斛(D.candidum)的302个基因同源,且同源性基本都在89％以上.
Development and Analysis of Dendrobium SNP Based on EST Sequence

毛立彦、龙凌云、檀小辉、檀业维、韦勇杰、於艳萍、宾振钧、覃剑锋、覃茜、金刚

展开 >

广西壮族自治区亚热带作物研究所,南宁,530001

石斛 EST序列 SNP位点

广西自然科学基金广西亚热带作物研究所基本科研业务费专项资金项目

2016GXNSFAA380093桂热研201602

2018

东北林业大学学报
东北林业大学

东北林业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.74
ISSN：1000-5382
年,卷(期)：2018.46(5)
  • 10