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酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析

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通过分析枣属植物酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响其密码子使用偏性形成的主要因素.结果表明:酸枣叶绿体基因组有效密码子数(Nec)为47.72,密码子使用偏性较弱;中性绘图分析和使用的有效密码子数绘图分析(Nec-plot绘图分析)结果表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用保守性较高,选择压力对密码子使用的影响较大;最优密码子分析确定UUU、GUA、UCA、ACA、AAU、AGA、GGG等7个密码子为最优密码子;奇偶偏差分析表明,密码子第3位碱基的使用存在偏好性,嘌呤的使用比嘧啶更频繁;基于同义密码子相对使用度的对应性分析表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中GC含量影响最大,其他因素也有一定影响.酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中,来自外界的选择压力起主要作用,核苷酸组成和其他因素也发挥一定的作用.
Codon usage bias analysis of the chloroplast genome of Ziziphus jujuba var. spinosa

胡晓艳、许艳秋、韩有志、杜淑辉

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山西农业大学林学院, 山西 太谷030800

酸枣 叶绿体基因组 密码子 使用偏性

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2019L03692017YJ22SXYBKY201742

2019

森林与环境学报
福建农林大学

森林与环境学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.964
ISSN：2096-0018
年,卷(期)：2019.39(6)
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