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灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子使用特征分析

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通过分析灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用特征,探讨影响其密码子使用偏性的主要因素.从灰毛浆果楝叶绿体基因组中筛选出54条编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2和CUSP软件计算不同基因密码子各位置的GC含量,以明确灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用偏性规律.结果显示:灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子第3位碱基的GC含量为28.95％,即第3位密码子富含A和U,有效密码子数(Nec)在34.60～61.00之间,Nec 值大于45的CDS有39个;相对同义密码子使用度(URSC)值大于1的密码子有29个,其中16个以U结尾,12个以A结尾;中性绘图分析结果显示GC12 和GC3 的相关系数为0.098 4,相关性不显著,回归系数(对角线斜率)为0.137 9;基因Nec 比值大多数分布在－0.05～0.05区间外,即大部分基因Nec 值与预期值差距较大;相关关系分析显示,GC3 与GC1 、GC2 均未达到显著相关,Nec 与GC3 呈极显著相关.综合分析发现灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响.结合高表达优越密码子和高频密码子确定GUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GGU、GCU、CAA、AAA、UGU、AGA和AUU等13个密码子为最优密码子.
Characterization of codon usage in Cipadessa cinerascens chloroplast genome

原晓龙、王毅、张劲峰

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云南省林业和草原科学院,云南 昆明650201

云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,云南 昆明650201

灰毛浆果楝 叶绿体基因组 密码子 偏好性 最优密码子

国家自然科学基金云南省林业和草原科学院热带亚热带珍贵用材树种研发创新课题

318601772017HC024

2020

森林与环境学报
福建农林大学

森林与环境学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.964
ISSN：2096-0018
年,卷(期)：2020.40(2)
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