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秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

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为了确定秋茄叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,以筛选到的50条蛋白质编码序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性进行分析.结果 表明:秋茄叶绿体基因组密码子第3位的GC含量(GC3)较低,平均值为27.62％,有30个密码子的相对同义密码子使用度(URSC)>1,其中以A/U结尾的密码子29个,说明秋茄叶绿体基因组偏向使用以A/U结尾的密码子;有效密码子数(Nec)的平均值为47.02,密码子使用偏好性较弱;Nec和GC3之间呈显著正相关(r=0.329,P<0.05),表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性.中性分析结果显示,GC3和GC12相关性显著(r=0.464,P<0.01),回归系数为0.7064,说明突变对密码子使用偏好性有重要影响.Nec-plot分析和奇偶偏好性分析表明,自然选择也是重要的影响因素.基于rbcL基因序列的系统进化树和基于URSC值的聚类分析有一定的相似性,表明密码子使用偏好性与物种之间的亲缘关系有关.综合分析表明,突变是秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性的重要因素,同时自然选择和碱基组成也有一定影响.ACC、ACA和GCA为最优密码子.
Codon usage bias of chloroplast genome in Kandelia obovata

赵森、邓力华、陈芬

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北部湾大学广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室, 广西 钦州535011

中国科学院亚热带农业生态研究所亚热带农业生态过程重点实验室, 湖南 长沙410125

秋茄 叶绿体基因 密码子偏好性 最优密码子

广西高校中青年教师基础能力提升项目广西高校中青年教师基础能力提升项目广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室项目

KY2016YB4962018KY06212019ZB01

2020

10.13324/j.cnki.jfcf.2020.05.011

森林与环境学报
福建农林大学

森林与环境学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.964
ISSN：2096-0018
年,卷(期)：2020.40(5)
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