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牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的全基因组鉴定与分析

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为深入了解牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的功能,利用本地Blast对牛樟芝全基因组的蛋白序列进行全局比对,鉴定出20个牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子蛋白序列.通过生物信息学方法对Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子进行结构和功能预测,并利用转录组测序分析Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子在不同段木培养条件下菌丝体和子实体的表达情况.结果表明:20个Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子均具有Cy6型锌指基序,属于GAL4型锌簇蛋白转录因子,其氨基酸数量为225～1384个;理论等电点平均pI值为6.91,均为不稳定蛋白;其中,AcCys6-17存在跨膜结构;AcCys6-9、AcCys6-14定位在细胞质中;平均每个转录因子含9个外显子,AcCys6-6有25个外显子,二级结构以无规卷曲为主要结构.Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子基因表达在不同段木的菌丝体和子实体存在差异,有11个转录因子在香樟段木菌丝体表达量高,AcCys6-16在香樟段木子实体表达量高;AcCys6-11在牛樟段木菌丝体表达量高;AcCys6-4在云南樟段木菌丝体表达量最高.
Genome-wide identification and analysis of Zn(Ⅱ) 2Cys6 transcription factors in Antrodia cinnamomea

罗玛妮娅、王毅、郑元、张璋、王娟、杨宇明

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西南林业大学林学院,云南 昆明650224

云南省林业和草原科学院,云南 昆明650201

云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,云南 昆明650201

西南林业大学绿色发展研究院,云南 昆明650233

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牛樟芝 Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子 生物信息学表达分析 转录组分析

云南省重大科技专项计划食用菌项目子课题云南省博士后科研基金国家自然科学基金国家林业局云南珍稀濒特植物保护与繁育重点实验室开放基金

202002AE320003188102318601772016-01

2021

10.13324/j.cnki.jfcf.2021.02.006

森林与环境学报
福建农林大学

森林与环境学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.964
ISSN：2096-0018
年,卷(期)：2021.41(2)
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