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鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR靶基因的预测及验证分析

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[目的] 筛选鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR的靶基因,为明确sRNA与靶基因的互作以及沙门菌的致病机制奠定基础.[方法] 利用TargetRNA2软件预测sRNA SdsR的靶标,基于前期的sRNA SdsR敲除后转录组测序结果,将预测到的基因注释到GO、KEGG以及eggNOG数据库中进行分析,通过RT-qPCR对预测到的杂交能量较高的部分靶基因进行验证.[结果] TargetRNA2软件预测到29个靶标,其中hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC的杂交能量较高,且能与sRNA SdsR有连续的碱基匹配,分别与鼠伤寒沙门菌血红素合成、氧化还原过程、草酰乙酸脱羧酶的合成、膜的组成部分、细胞质蛋白的合成有关.RT-qPCR结果显示,相对于野生菌株3409,敲除sRNA SdsR后hemA、mreC的表达分别下调0.70和0.39倍;STM0951、STM1252、dcoC的表达分别上调0.51、0.35和1.86倍.[结论] hemA、 STM0951 、mreC、STM1252 、dcoC基因很可能受sRNA SdsR的直接调控且对某些靶基因的表达有促进作用.
Prediction and Verification of sRNA SdsR Target Genes in Salmonella typhimurium

张家莉、令狐远凤、段世宇、潘永、杨琦

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贵州大学动物科学学院,贵州 贵阳 550025

贵州大学动物疫病研究所,贵州 贵阳 550025

贵州省农业科学院畜牧兽医研究所,贵州 贵阳 550025

贵州省动物疫病研究室,贵州 贵阳 550025

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鼠伤寒沙门菌 sRNA SdsR TargetRNA2 靶基因 转录组测序

国家自然科学基金国家自然科学基金

3176074031602065

2022

10.19303/j.issn.1008-0384.2022.004.003

福建农业学报
福建省农业科学院

福建农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.656
ISSN：1008-0384
年,卷(期)：2022.37(4)
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