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牛嵴病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

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[目的]建立一种快速、准确且能定量分析牛嵴病毒(Bovine kobuvirus,BKoV)的检测方法.[方法]根据GenBank上发布的牛嵴病毒 3D基因序列设计合成一对特异性引物和一条探针,通过优化反应体系建立牛嵴病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法,并对临床样品进行检测.[结果]该方法最佳上下游引物浓度均为 300 nmol·L-1,探针浓度为 400 nmol·L-1,在 1×101～1×108 copies·μL-1 呈现良好的线性关系,线性相关系数R2=0.999,扩增效率为 103%;特异性较强,在多个犊牛腹泻相关病原中,只检测出牛嵴病毒;敏感性较高,对BKoV质粒标准品最低检测下限为 1×101 copies·μL-1,而普通RT-PCR对BKoV质粒标准品最低检测下限为 1×102 copies·μL-1;重复性较好,组内变异系数和组间变异系数均小于 3%.2021年 3～5月采自内蒙古地区牧场的 37份犊牛粪样中BKoV的检出率为 24.3%,通过标准曲线计算其病毒载量,其中腹泻粪样平均病毒载量为 3.7×105 copies·μL-1,健康犊牛粪样平均病毒载量为 8.65×103 copies·μL-1.[结论]建立的牛嵴病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、稳定性好、灵敏度高,为BKoV的检测和分子流行病学调查提供了有力的手段.
TaqMan qRT-PCR Assay for Detecting Bovine Kobuvirus

Bovine kobuvirusfluorescence qRT-PCRcalf diarrheaspecificitysensitivityrepeatability

赵润涛、特木尔巴根、郭宇、武娅楠、王旭芬、侯琳、张贺、赵洋、张志丹、周伟光

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内蒙古农业大学兽医学院/农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室,内蒙古 呼和浩特 010018

内蒙古自治区动物疫病预防控制中心,内蒙古 呼和浩特 010020

牛嵴病毒 荧光定量RT-PCR 犊牛腹泻 特异性 敏感性 重复性

内蒙古自治区科技重大专项

2020ZD0006

2023

10.19303/j.issn.1008-0384.2023.07.011

福建农业学报
福建省农业科学院

福建农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.656
ISSN：1008-0384
年,卷(期)：2023.38(7)
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