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新型冠状病毒EG.5变异株基因组特征分析

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目的 了解新型冠状(简称新冠)病毒EG.5变异株基因组变异特征,实时监测秦皇岛市新冠病毒变异株流行趋势和变化特征.方法 本研究收集了河北省秦皇岛市2023年5-8月本土新型冠状病毒感染患者鼻咽拭子样本20例,采用新型冠状病毒全基因组二代测序技术对样本进行新冠病毒全基因组测序及分析.结果 经过Pangolin分型,20例均为EG.5变异株,其中5例为EG.5.1亚型,15例为EG.5.1.1亚型.在20例变异株中,发现了 98个共享核苷酸突变位点,70个共享氨基酸变异位点.相较EG.5.1亚型,EG.5.1.1亚型具有3个特有的核苷酸变异,1个特有的氨基酸变异位.在20株EG.5变异株的S基因上,有40个共享氨基酸变异位点,其中包括Q52H、F456L、T478K、P681H、D614G等影响病毒传播和免疫逃逸能力的关键性共享变异位点.通过系统进化分析,20株EG.5变异株均属22F(Omicron)分支.结论 新冠病毒在未来流行传播过程中依然会不断出现传播能力和免疫逃逸能力更强的新的变异株.有必要实时监测新冠病毒变异株的变异流行趋势,为疫情的防控提供了数据支持.

文明新、于良、时晨、王妹鑫、张静、罗永松

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秦皇岛市疾病预防控制中心,河北秦皇岛 066001

新型冠状病毒 全基因组测序 EG.5变异株 刺突蛋白 二代测序

2024

10.12183/j.scjpm.2024.0977

华南预防医学
广东省疾病预防控制中心 中华预防医学会

华南预防医学

CSTPCD
影响因子：1.061
ISSN：1671-5039
年,卷(期)：2024.50(10)