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PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究

Residue Specific Binding Mechanisms of PD-1 to Its Monoclonal Antibodies by Computational Alanine Scanning

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通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有PD-1K131.同时发现,与PD-1K131结合的单抗的关键残基通常都受范德华(vdW)能量控制.2种单克隆抗体上热点的自由能贡献都以vdW能量为主,这表明在下一代PD-1新抗体的设计中需要提高静电型热点残基的数量.

温炜、黄达锭、鲍劲霄、张增辉

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华东师范大学化学与分子工程学院,上海绿色化学与化工过程重点实验室,上海分子治疗与新药开发工程研究中心,上海200062

上海纽约大学计算化学联合研究中心,上海200062

美国纽约大学化学系,纽约10003

程序性细胞死亡蛋白 丙氨酸扫描计算 单克隆抗体 分子力学广义波恩表面积 相互作用熵

国家重点研发计划项目国家自然科学基金重大研究计划培育项目国家自然科学基金重点项目

2016YFA05017009175310321933010

2021

10.7503/cjcu20210245

高等学校化学学报
中华人民共和国教育部委托 吉林大学和南开大学

高等学校化学学报

CSTPCDCSCD北大核心SCI
影响因子：1.067
ISSN：0251-0790
年,卷(期)：2021.42(7)
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