为掌握西北干旱地区祁连圆柏内生真菌群落结构以及多样性,探索内生真菌与祁连圆柏针叶生长状态的联系,通过高通量测序技术对健康和枯黄的圆柏针叶进行了分析.研究结果显示:6组样品测序共得到2,338,753 条有效序列,683 个操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs).ACE、Chaol、Shannon 指数表明发病组样品的物种丰富度与多样性略高于健康组.门分类水平上,两组样品的优势菌群均为子囊菌门,在属分类水平上,枝孢属Cladosporium是健康组样品中的优势属,球腔菌属Mycosphaerella是发病组样品中的优势属.在群落结构组成上,健康组样品中枝孢属Cladosporium、球腔菌属Mycosphaerella、丝状担子菌属Filobasi-dium 相对丰度均高于发病组,组成占比也较为均匀,发病组样品中除Mycosphaerella之外其余属真菌占比均较低,没有明显的层次结构.Beta多样性显示6组样品大致分为两个分布区,各样品组间差异较小,两组样品差异较为明显.属分类水平上大多数属间呈正相关,负相关主要集中球腔菌属Mycosphaerella、Zymoseptoria、Rachicladosporium等属,这几个属在发病组中的丰度均高于健康组样品.