摘要
目的:使用生物信息学的方法,鉴别出与宫颈癌远处转移相关的潜在生物学标记物,并对其机制进行研究.方法:使用R语言分析,利用TCGA数据库,挖掘出宫颈癌远处转移患者与非远处转移患者之间的差异表达基因集,进一步筛选出两组基因集的共差异表达基因,对这些共差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,并使用cytoscape软件进行分析,使用cytoHubba插件计算出前10位的关键基因.然后对筛选出的基因进行诊断分析及生存分析.结果:本研究共获得415个与宫颈癌远处转移相关的差异表达基因(DEGs),上调的差异表达基因主要富集在"表皮的发育""皮肤的形成""角化细胞的分化""上皮细胞的分化",下调差异表达基因主要富集在"胚胎器官的发育""消化系统发育;消化道发育;上皮管道形态发生"等分子功能.差异表达基因主要参与到"P53信号通路""Wnt信号通路""病毒蛋白的相互作用""细胞因子和受体""甲状腺癌"等.计算出位于前十的中枢基因,分别为:DSG3、SPRR1B、IVL、PKP1、DSC3、KRT6B、SPRR1A、KRT6A、KRT16、SPRR3.并进行生存分析,结果发现:SPRR1B/SPRR1A,SPRR3,DSC3/DSG3的表达与宫颈癌的生存表现出明显的统计学意义.结论:使用生物信息学方法,可以获得与宫颈癌远处转移相关的基因,并筛选出中枢基因,为进一步研究宫颈癌远处转移的分子机制提供参考.
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