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生信分析鉴定青蒿素治疗非小细胞肺癌的铁死亡基因

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通过生物信息学分析,鉴定不同类型的青蒿素治疗非小细胞肺癌的相关铁死亡基因.通过在线数据库,对相关类型的青蒿素成分进行筛选和靶点预测.通过WGCNA和差异分析,获取非小细胞肺癌相关基因.通过PubMed数据库获取铁死亡相关基因.将三者进行取交集,得到治疗NSCLC相关的铁死亡基因.通过GO和KEGG功能富集分析,明确其作用机制.构建PPI蛋白互作网络筛选核心基因并进行生存分析.然后进行分子对接和免疫组化层面验证.结果表明:共筛选出不同类型的青蒿素5种,其靶点分别为103个,82个,71个,22个和112个.WGCNA分析筛选出了了9070个基因,差异分析鉴定了4276个差异表达基因.通过将上述二者与258个铁死亡基因取交集,得到了Artemetin治疗NSCLC铁死亡相关基因2个(CA9、PTGS2),其中:Artemisinin(1个),Artemisitene(1个),Deoxyartemisinin(0个)和Dihydroartemisinin(2个).GO和KEGG功能富集分析显示,其发挥作用可能与组蛋白乙酰化有关,通过孕酮介导的细胞成熟途径通路起作用.PPI和生存分析显示AURKA,PLK1和TYMS在高低风险组之间具有显著性.分子对接结合显示AURKA与Dihydroartemisinin在对接结果中最优,其次是PLK1与Dihydroartemisinin,TYMS与Artemetin.HPA免疫组化验证了AURKA、PLK1和TYMS在腺癌/鳞癌中具有明显的表达差异.本研究鉴定了不同类型青蒿素治疗非小细胞肺癌相关的铁死亡基因,初步了解其发挥作用的机制,这有可能为青蒿素治疗非小细胞肺癌提供新的策略.
Identification of ferroptosis genes associated with artemisinins for the treatment of non-small cell lung cancer through bioinformatics analysis

张泽鑫、黄子怡、吴汶丰、陈栩静、方舒涵、李菁、王理槐、胡浩、文静

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广州中医药大学第一临床医学院,广东 广州510405

广州中医药大学第二临床医学院,广东 广州 510405

湖南中医药大学第一附属医院,湖南 长沙 410000

生物信息学 青蒿 青蒿素 非小细胞肺癌 铁死亡

国家自然科学基金资助项目湖南省科技创新计划项目

821014240420205K51405

2021

广西大学学报(自然科学版)
广西大学

广西大学学报(自然科学版)

CSTPCD北大核心
影响因子:0.767
ISSN:1001-7445
年,卷(期):2021.46(5)
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