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结合自由能微扰积分法及其在药物研发中的应用

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以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltz-mann(or Generalized Born)Surface Area,MM/PB(GB)SA)在药物研发过程中取得巨大成功.与MM/PB(GB)SA计算相比,结合自由能微扰积分法通过构建严谨的热力学循环,可对结合自由能进行精确计算,但因为其计算量巨大,所以在实际中应用相对较少.近年来,随着高性能计算机的发展和动力学模拟技术的革新,基于结合自由能微扰积分法的结合自由能计算逐渐成为研究热点.本文简要介绍了以分子动力学为基础的结合自由能微扰积分法的计算过程及其相关联的限制势增强动力学采样技术,并通过具体的实例展现结合自由能微扰积分法在药物研发中的应用前景.
Application and Research Progress of Binding Free Energy Per-turbation Calculation in Drug Discovery

甘雨满、刘永宏、刘锴

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广西中医药大学海洋药物研究院,广西南宁 530200

中国科学院南海海洋研究所,中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,广东广州 510301

分子动力学模拟 自由能计算 微扰积分法 热力学循环 药物设计

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31960019桂教师范[2019]71 号2019GXNSFBA1850232018BS0382018BS0442019KY03262018ZD005050190552018006

2020

10.13656/j.cnki.gxkx.20201214.007

广西科学
广西科学院 广西壮族自治区科学技术协会

广西科学

CSTPCD北大核心
影响因子：0.516
ISSN：1005-9164
年,卷(期)：2020.27(5)
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