密码子简并性特征造成了不同物种或同一物种的不同基因在密码子使用上存在不同的偏爱性.本研究运用Codon W软件对水稻、玉米、高梁、小麦、大麦、拟南芥、豌豆的waxy基因的密码予用法进行了分析.结果表明:单子叶植物与双子叶植物waxy基因的密码子用法差异较大,前者偏向于使用以G或C碱基结尾的密码子,后者则偏向于使用以A或T碱基结尾的密码予.不同物种的waxy基因在密码子用法差异上表现为,进化上亲缘关系越近的物种其基因密码子用法越相似.因此,基于基因密码子用法的研究,可作为目前各种系统发育分析方法的重要补充,用于物种进化关系和分子进化机制研究.
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