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基于全基因组测序对双重耐药幽门螺杆菌外排泵基因变异的研究

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背景 世界上50％以上的人口感染幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H pylori).随着抗生素的广泛使用,抗生素耐药成为H.pylori感染患者根除失败的主要原因.目前有不少研究报道外排泵基因过表达和耐药的产生相关.目的 为了未来的H.pylori感染治疗有更多方法,探索外排泵基因的变异与双重耐药菌株耐药性产生的内在联系.方法 使用13C呼气试验及药物敏感试验进行双重耐药菌株及敏感菌株的筛选,用特异性PCR的常规方法进行耐药基因突变位点的验证,基于MiSeq平台,对10例临床菌株进行全基因组测序,以鉴定双重耐药表型与敏感表型的外排泵基因的单核苷酸变体(single nucleotide variants,SNV)并分析,参考菌株使用ATCC26695.结果 H.pylori药敏试验结果显示,丽水地区H.pylori对克拉霉素及左氧氟沙星都具有较高的耐药率.采用特异性PCR法在5株临床双重耐药菌株中检测到23S rRNA基因及gyrA的点突变,在5株临床敏感菌株中未检测到.全基因测序检测了涉及多耐药性的TolC同源物的四个基因簇(HP0605-HP0607,HP0971-HP0969,HP1327-HP1329和HP1489-HP1487)的遗传变异.在双重耐药性H.pylori菌株中发现一个突变的SNV.结论 丽水地区抗生素使用应严格监控,避免滥用.TolC同源基因的基因簇与H.pylori菌株的抗生素耐药性相关.全基因组测序对基因型与表型的关系有了新的认识.
Investigation of mutation of multidrug resistant Helicobacter pylori efflux pump gene based on whole genome sequencing

叶淑芳、张剑美、代飞、蓝陈菊、章小君、周丽珍、汤清清、孟飞

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丽水市人民医院消化内科,浙江省丽水市323000

杭州致远医学检验所有限公司,浙江省杭州市310000

双重耐药菌株 幽门螺杆菌 全基因组测序 耐药性 外排泵基因

浙江省科学技术厅2020年省公益技术研究项目丽水市消化内镜临床医学研究科技创新团队

LGF20H0300052018cxtd05

2021

10.11569/wcjd.v29.i9.455

世界华人消化杂志
太原消化病研治中心

世界华人消化杂志

影响因子：1.023
ISSN：1009-3079
年,卷(期)：2021.29(9)
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