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秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

Genome-wide SSR characterization and its application in evaluating the genetic diversity of Pleurotus pulmonarius

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利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘.在秀珍菇PM_ss5基因组中共检测出 2348个SSR位点,相对丰度为平均 1 Mb中含有 59个SSR位点;所有SSR位点中,以二核苷酸SSR为主(51.8％),三核苷酸SSR次之(27.7％);经鉴定的秀珍菇SSR位点包含 141种碱基基序,优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为 10～156 bp,其中,10～15 bp的SSR位点占比为 77.2％;在秀珍菇和其他 4 种侧耳属真菌基因组中,都是以短核苷酸SSR为主,秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株;利用筛选的 53对多态性引物对 18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析,结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性,平均Shannon信息指数为 0.38,平均Nei's基因多样性为 0.23,平均有效等位基因数为 1.35.

周思琦、龚文兵、夏志兰、吴秋云、王亚东

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湖南农业大学园艺学院,湖南 长沙 410128

中国农业科学院麻类研究所,湖南 长沙 410221

园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心,湖南 长沙 410128

蔬菜生物学湖南省重点实验室,湖南 长沙410128

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秀珍菇 全基因组 简单重复序列 碱基基序 遗传多样性

湖南省现代农业产业技术体系建设项目湖南省科技计划项目

湘农发[2022]31号2019GK5065

2023

10.13331/j.cnki.jhau.2023.02.008

湖南农业大学学报(自然科学版)
湖南农业大学

湖南农业大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.868
ISSN：1007-1032
年,卷(期)：2023.49(2)
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