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广益黑猪繁殖性状的全基因组关联分析

Genome-wide association study of reproductive traits in Guangyi black pigs

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选取441头广益黑猪经产母猪为研究对象,利用猪 50K SNP芯片对猪耳组织DNA进行基因型分型,PLINK 1.9质控后,采用GMAT中的重复力模型进行猪繁殖性状相关的全基因组关联分析,确定显著位点.结果表明:441头经产广益黑猪母猪的耳组织DNA基因分型共获得 50898 个SNPs,经质控剩余 46165 个SNPs位点用于关联分析;平均亲缘关系系数为-0.0022,平均亲缘关系较远,不存在明显的群体分层;总产仔数性状有 1个 SNP 在全基因组范围内达到显著相关,4 个 SNPs 达到潜在显著关联,候选基因包括 PIK3C3、ENSSSCG00000003753、MAP3K3、DCAF7;产活仔数性状有 6个SNPs潜在显著关联,候选基因包括ZNF585A、ENSSSCG00000022411、ZNF784、ENSSSCG00000029007、PigE-108A11.5、PigE-108A11.3、ENSSSCG00000023343;弱仔性状有1个SNP达潜在显著关联,候选基因包括KRTAP7-1和TIAM1;经基因功能分析推测,PIK3C3、MAP3K3可能是影响猪总产仔数的候选基因.

Guangyi black pigsreproductive traitsgenome-wide association analysisSNPcandidate gene

朱吉、任慧波、吴发平、崔清明、刘莹莹、邓缘、李华丽、胡雄贵、左剑波、邹亿文、陈晨、彭英林

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湖南省畜牧兽医研究所,湖南 长沙 410131

长沙县农业农村局,湖南 长沙 410100

湖南广益农业开发集团股份公司,湖南 新化 417600

广益黑猪 繁殖性状 全基因组关联分析 SNP 候选基因

湖南省自然科学基金湖南省重点研发计划湖南省重点研发计划湖南省重点研发计划湖南省重点实验室开放研究基金

2021JJ303862021NK10092020NK20242019NK21932017TP1030

2023

10.13331/j.cnki.jhau.2023.04.012

湖南农业大学学报(自然科学版)
湖南农业大学

湖南农业大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.868
ISSN：1007-1032
年,卷(期)：2023.49(4)
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