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意大利蜜蜂Hippo信号通路相关基因及其全长转录本的鉴定与分析

Identification and investigation of genes and their full-length transcripts relative to Hippo signaling pathway in Apis mellifera ligustica

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采用Blast工具将已鉴定到的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)全长转录本比对Nr数据库,共鉴定到意蜂Hippo信号通路中相关的49个基因及其550条全长转录本.运用Gffcompare 软件将鉴定到的Hippo信号通路相关全长转录本与西方蜜蜂参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较,分别延长西方蜜蜂参考基因组注释到Hippo 信号通路的9 个基因的5'UTR 和7 个基因的3'UTR.通过Astalavista 软件鉴定到Hippo信号通路相关的4 个基因的7 次可变剪切(AS)事件,包括2 次外显子跳跃、2 次内含子保留和3 次可变5端剪接.通过PCR验证了1 个基因的AS 事件真实性.利用TAPIS pipeline 鉴定到意蜂Hippo 信号通路相关的24 个基因含有1 个及以上可变多聚腺苷酸化(APA)位点,其中含有1 个APA位点的基因数量最多.通过TBtool 软件鉴定APA 位点上游motif 的一致性序列HVNCCNBNDYVDVVHVNDBVDYCNBBDNNNHNNVNNVMNN.

Apis melliferaApis mellifera ligusticaHippo signaling pathway-related genesfull-length transcript

张佳欣、高旭泽、陈梦君、宋宇轩、荆欣、刘治滩、冯佩林、陈大福、郭睿

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福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福建福州 350002

福建省蜂疗研究所,福建福州 350002

西方蜜蜂 意大利蜜蜂 Hippo信号通路相关基因 全长转录本

国家自然科学基金面上项目国家现代农业产业技术体系专项福建省自然科学基金面上项目福建农林大学科技创新专项基金

32172792CARS-44-KXJ72022J01131334KFb22060XA

2023

10.13331/j.cnki.jhau.2023.05.005

湖南农业大学学报(自然科学版)
湖南农业大学

湖南农业大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.868
ISSN：1007-1032
年,卷(期)：2023.49(5)
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