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广西凤山中籽茶群体种质SNP标记开发及遗传进化分析

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[目的]开发大量SNP标记用于油茶种质资源鉴定及其遗传差异化分析，为广西优良地方油茶种质资源的开发和利用提供依据。[方法]以广西凤山中籽茶 8 个居群 64 份种质资源的叶片为供试材料，参考已公布的茶树Camellia sinensis var。sinensis基因组进行酶切预测，选择最适酶切方案，对油茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库，利用SLAF-seq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开发及其进化关系分析。[结果]通过对照组水稻(Oryza sativa)测序数据的评估检测，显示本次试验双端比对效率为 95。53%，酶切效率为 95。06%，表明SLAF建库正常;构建SLAF-seq文库并进行双端测序，平均测序深度为 13。43 x，共获得207。34 M的读长数据，测序平均Q30 为 88。94%，平均GC含量为 44。85%，共开发 879 284 个SLAF标签，其中多态性SLAF标签242 892个，共得到4 565 217个群体SNP，进一步地开发获得199 745个高一致性的SNP标记;基于高一致性SNP标记的遗传分析结果表明:可将这广西凤山中籽茶 8 个居群 64 份种质划分为 2 个大类群，4个亚类群，每个亚类群均由来源于1～3 个地方群体种质组成。[结论]本研究表明SLAF-seq测序技术可有效用于油茶群体种质SNP标记开发，其标记数量、质量及效率远远优于ISSR、SRAP、SSR等第一、二代分子标记技术;聚类分析表明，遗传变异多来自于群体内，群体间各群各自聚类、地域性相对明显，其遗传分化程度与地理距离远近呈现显著的正相关性。从全基因组范围开发的高质量SNP标记可进一步用于油茶种质资源鉴定、连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究。
SNP markers development and genetic structure analysis of Camellia oleifera genetic populations germplasm in Fengshan of Guangxi

Camellia Oleifera AbelSNPSLAF-seqgenetic analysis

付超、刘凯、张幸、梁国校、江泽鹏、王凌晖

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广西大学 林学院,广西 南宁 530004

广西壮族自治区林业科学研究院 广西油茶良种与栽培工程技术研究中心,广西 南宁 530009

广西壮族自治区林业科学研究院 广西特色经济林培育与利用重点实验室,广西 南宁 530009

油茶 SNP SLAF-seq 遗传分析

广西重点研发计划广西林业科技推广示范项目

桂科AB18294042桂林科研[2021]25号

2023

10.14067/j.cnki.1003-8981.2023.03.016

经济林研究
中南林业科技大学

经济林研究

CSTPCD北大核心
影响因子：1.423
ISSN：1003-8981
年,卷(期)：2023.41(3)
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