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基于糙皮侧耳转录组测序挖掘降解木本基质的候选功能基因

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采用Illumina HiSeq 4000 SBS高通量测序平台对糙皮侧耳[Pleurotus ostreatus (Jacq.:Fr.) Kummer]的转录组进行测序,挖掘糙皮侧耳降解木质基质的候选功能基因.共得到糙皮侧耳转录本序列64 228条,单基因序列46 417条.使用Blast工具将转录本序列比对到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等数据库中,并有33 736条序列得到注释.通过对差异基因的对比和筛选,得到1 408条差异表达基因,其中有1 183条基因为上调基因,通过GO富集分析表明,差异基因显著富集于木质素分解代谢过程、锰过氧化物酶活性、苯丙素分解代谢过程中.将差异基因比对到KEGG数据库中,共有313条得到注释的序列,对其进行Pathway富集分析,证明差异基因显著富集于氨基苯甲酸降解、色氨酸代谢、β-丙氨酸代谢等通路中.c27028_g1、c28624_g1、c30793 g1、c30849_g1等基因与木质素降解过程相关性较高.c24893_g1、c29559_g1、c29956_g2等基因与纤维素降解过程相关性较高.
Detection of Candidate Genes for Degradation of Woody Substrates by Pleurotus ostreatus (Jacq.: Fr.) Kummer Based on Transcriptome Sequencing

魏珊珊、赫俊阳、宋倩、王建国、耿楠楠、杜亚荣、宋瑞清

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东北林业大学林学院,哈尔滨150040

糙皮侧耳 转录组 高通量测序 差异基因

国家自然科学基金面上项目东北林业大学本科生创新项目

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2018

吉林农业大学学报
吉林农业大学

吉林农业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.014
ISSN：1000-5684
年,卷(期)：2018.40(2)
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