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基于滇黄精转录组序列的SSR标记开发及其在黄精属资源分析中的应用

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本研究基于滇黄精转录组序列开发简单重复序列(SSR)标记并将其应用于黄精属资源分析.设计合成了45对SSR引物,经PCR扩增验证,选择其中20对SSR引物对75份黄精属资源进行分析.结果表明,共在46 416个Unigene中检出含有二核苷酸～六核苷酸重复类型的SSR位点60 238个,序列SSR发生频率为 22.78%,平均分布距离约7.07 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸和三核苷酸重复,分别占50.06%和34.89%.测试的45对SSR引物中有34 对(75.56%)可扩增SSR条带.筛选的 20 对引物共扩增出 153 个条带,多态率为 98.69%,每对引物扩增条带4.00～14.00个,平均7.65个,不同SSR标记的多态性信息含量为0.626～0.973,平均为 0.870.75 份材料的等位基因数和遗传相似系数分别为7.00～52.00个和0.531～0.941,平均值分别为24.65个和 0.689,显示出丰富的遗传多样性.基于SSR标记分析的聚类图显示,在遗传相似系数0.666处可将供试材料分为4类,较好地反映了供试材料的分类归属.此外,还发现5份多花黄精材料具有特异性的SSR条带扩增或缺失,可作为不同多花黄精材料鉴定的重要分子依据.本研究开发的SSR标记多态性较高,能够有效揭示黄精属种质资源的遗传多样性,对于丰富黄精分子标记种类、构建遗传图谱、促进种质资源的评价与育种应用、开展特定性状的辅助选择等研究都具有重要的意义.
Development of simple sequence repeat(SSR)markers based on tran-scriptome sequences of Polygonatum kingianum and their application in a-nalysis of Polygonatum germplasm resources

Polygonatumtranscriptomesimple sequence repeat(SSR)marker developmentresource analysis

钱丽华、严建立、吴晓疆、阮松林、尹舒雅、崔海瑞

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杭州市农业科学研究院,浙江 杭州 310024

浙江大学原子核农业科学研究所,浙江 杭州 310058

黄精 转录组 SSR标记开发 资源分析

杭州市重点研发项目

202002A03

2023

10.3969/j.issn.1000-4440.2023.05.004

江苏农业学报
江苏省农业科学院

江苏农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.093
ISSN：1000-4440
年,卷(期)：2023.39(5)
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