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独行菜抗逆相关转录因子LaDREB密码子偏性与进化分析

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[目的]为明确独行菜抗逆相关转录因子LaDREB基因密码子的使用特性.[方法]运用CodonW与EMBOSS程序及Excel、SPSS、MEGA等软件,分析了独行菜与其他物种中抗逆相关转录因子DREB基因的密码子使用偏好性,比较了独行菜LaDREB基因与模式生物的密码子使用频率.[结果]独行菜LaDREB基因的ENc(有效密码子数)、CAI(密码子适应指数)和GC含量分别为50.49、0.261和45.60％,表明其密码子使用偏性较弱,密码子偏好使用AT结尾;根据RSCU值,确定独行菜LaDREB基因高频密码子11个;不同物种间的DREB基因的密码子存在一定选用偏好性;CDS序列及RSCU聚类分析表明,独行菜LaDREB基因与双子叶植物中十字花科的植物偏好性最相近;密码子碱基成分和相关性分析发现,LaDREB基因在进化过程中密码子偏好性主要受碱基突变压力的影响.[结论]比较密码子使用频率分析发现,原核生物大肠杆菌表达系统更适合作为独行菜LaDREB基因的异源表达受体,模式植物拟南芥、水稻均可作为独行菜LaDREB基因的遗传转化受体,其中拟南芥是其最理想的遗传转化受体.研究为今后独行菜LaDREB基因的异源表达以及相关基因功能的进一步研究提供重要参考.
Codon Bias and Evolution Analysis of Stree-Resistant Related Transcription Factor LaDREB in Lepidium apetalum

周茜、陈芸、卢函、王玉州、王继莲、赵惠新

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喀什大学 生命与地理科学学院/叶尔羌绿洲生态与生物资源研究高校重点实验室,新疆 喀什 844000

和田师范专科学校 生地学院,新疆 和田 848000

新疆师范大学 生命科学学院/新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室/干旱区植物逆境生物学实验室,新疆 乌鲁木齐830054

独行菜 DREB转录因子 密码子偏性 聚类分析

国家自然科学基金国家自然科学基金喀什大学校级科研项目

31660079U1703112022019110

2020

10.13836/j.jjau.2020138

江西农业大学学报
江西农业大学

江西农业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.748
ISSN：1000-2286
年,卷(期)：2020.42(6)
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