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雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用

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微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中. 为了在棉花中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich) ESTs序列进行EST-SSRs特征分析. 剔除冗余序列,得到非冗余序列58906条. 在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条,共2818个EST-SSRs,EST-SSRs序列的频率是4.45%,平均相隔14.8 kb出现一个SSR. 在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(38.31%),其次是二核苷酸(24.09%)、单核苷酸(23.35%). 对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最大的是A/T(18.67%),其次是AT/TA(14.83%). 在复合型(compound)中发现三核苷酸串联三核苷酸的重复基元出现频率最高,为48.65%. 利用Prime 3 软件,设计了1554对EST-SSRs引物,随机选用300对对本室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测,其中129对有多态性,多态性频率为43%. 这些EST-SSRs将有效用于不同棉种间的分布特征比较及染色体定位等方面研究.

王长彪、郭旺珍、蔡彩平、张天真

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南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,南京,210095

雷蒙德氏棉 EST-SSRs 分布 分子标记 多态性

国家自然科学基金国家自然科学基金教育部长江学者和创新团队项目教育部新世纪优秀人才支持计划江苏省人才基金江苏省高技术项目

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2006

科学通报
中国科学院国家自然科学基金委员会

科学通报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.269
ISSN：0023-074X
年,卷(期)：2006.51(3)
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