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马尾松PmDXR基因密码子偏好性分析

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[目的]对马尾松PmDXR基因密码子偏好性进行分析,为后续PmDXR基因的功能验证及遗传转化等研究提供理论依据.[方法]利用CodonW、EMBOSS、SPSS等软件及在线服务器,分析马尾松与其他37个物种DXR基因密码子的偏好性.对不同物种DXR基因密码子进行中性分析、PR2-plot分析、ENc-plot分析,推测其偏好性形成的主要影响因素;同时分析比较了马尾松PmDXR基因与4种模式生物的密码子使用频率.[结果]马尾松PmDXR基因的密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子.比较分析不同物种DXR基因的密码子偏好性参数,发现不同物种DXR基因密码子偏好性存在一定差异,整体看,裸子植物DXR基因密码子偏好性比被子植物强.与其他物种DXR基因的CDS序列及RSCU值聚类分析表明,马尾松与其它裸子植物DXR基因表现出相近的密码子使用偏好性.中性分析、PR2-plot分析、ENc-plot分析均表明:自然选择是影响DXR基因密码子偏好性形成的主要因素.与4种模式生物的基因组密码子使用频率比较发现,在异源转化受体选择中,酵母真核表达系统较大肠杆菌原核表达系统更适合马尾松PmDXR异源表达,拟南芥和烟草均可作为马尾松PmDXR基因的遗传转化受体,其中,烟草更理想.[结论]本研究初步揭示了马尾松PmDXR基因密码子使用规律,对后续开展基因功能验证有重要的指导作用,同时也可为研究马尾松分子进化提供一定的科学依据.
Analysis on Codon Bias of PmDXR Gene in Pinus massoniana Lamb.

朱灵芝、朱沛煌、李荣、陈妤、季孔庶

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南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037

马尾松 PmDXR基因 密码子偏好性 异源表达 外源宿主

2017YFD0600304PAPD

2021

10.13275/j.cnki.lykxyj.2021.02.011

林业科学研究
中国林业科学研究院

林业科学研究

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.996
ISSN：1001-1498
年,卷(期)：2021.34(2)
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