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大麦HD-Zip基因家族密码子偏好性分析

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同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper,HD-Zip)蛋白在植物生长发育和适应性抗逆过程中发挥着至关重要的调控作用,而密码子偏好性分析是大麦HD-Zip转录因子家族分子进化及功能研究的重要补充.为探究大麦HD-Zip转录因子家族密码子偏好性特征,利用CUSP、CHIPS及CodonW等软件(程序)对32个大麦HD-Zip基因进行了分析.结果 显示,大麦HD-Zip家族基因偏好以C或G结尾的密码子,使用频率最高的密码子是CUG,最优密码子为AUC和AGG.该家族基因GC3值分布较分散(0.48～0.98),有62.5％的基因ENC值小于35;GC12与GC3的相关性较强,大多数ENC值频数处于0.03～0.11的范围内,实际ENC值与预期ENC值相近,证明大麦HD-Zip家族基因密码子偏好性较弱,且在进化过程中主要受突变压力的影响.聚类分析表明,基于相对同义密码子使用度的HD-Zip基因聚类与物种进化关系没有必然相关性.对大麦HD-Zip家族代表基因HD-Zip Ⅳ 5进行最适受体分析发现,大肠杆菌更适合作为其异源表达受体,遗传转化模式植物中水稻更适合作为该基因的表达受体.本研究为大麦HD-Zip转录因子家族进一步功能研究奠定基础.
Codon Bias Analysis of Barley Homeodomain-Leucine Zipper Gene Family

李媛、多杰措、熊辉岩、段瑞君

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青海大学生态环境工程学院,青海西宁810016

青海大学农牧学院,青海西宁810016

青海省青稞遗传育种重点实验室,青海西宁810016

大麦 HD-Zip基因家族 密码子偏好性 异源表达受体

国家自然科学基金青海省科技厅基础研究项目

315600522019-ZJ-7049

2020

麦类作物学报
西北农林科技大学 国家小麦工程技术研究中心

麦类作物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.886
ISSN：1009-1041
年,卷(期)：2020.40(2)
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