乡村治理是国家治理体系的重要组成部分,农民合作社作为乡村治理重要主体,在推动乡村治理体系治理能力现代化、治理效能转化中发挥重要助力作用.农民合作社嵌入乡村治理的研究不仅有助于纾解农民合作社发展中的现实问题,而且能够从组织-治理的维度探索乡村治理新模式.基于新疆昌吉市三工镇的个案研究样本,梳理、剖析企业带动型、党支部领办型、能人带动型 3 类农民合作社嵌入乡村治理的现状及存在问题,并提出相对应的优化路径,即发挥政府作用提供良好外部支持、构建乡村治理主体多元化协同化机制、推进农民合作社规范化嵌入乡村治理、拓展农民合作社嵌入乡村治理发展空间.