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黄连WRKY基因家族鉴定及表达分析

Identification and Expression Analysis of WRKY Gene Family in Coptis Chinensis

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目的 本研究使用生物信息学方法 鉴定黄连WRKY基因家族成员并对其表达模式进行分析,为进一步研究黄连WRKY基因家族的功能及其对黄连生物碱合成途径的调控机制提供参考.方法 利用HMMER、BLAST、TBtools、IQ-Tree等软件,ExPASy、WOLF PSORT、MEME在线网站等对黄连基因组中的WRKY基因家族进行鉴定、可视化分析和表达模式分析.结果 从黄连基因组中鉴定出了41个WRKY基因,其ORF长度为252-2796 bp,编码蛋白的氨基酸数量为84-931 aa,分子质量为9649.32-103620.60 Da,等电点为4.96-10.17,95％以上蛋白预测亚细胞定位于细胞核;41个CcWRKY(黄连WRKY)基因不均一地分布在9条染色体上;系统发育分析将41个CcWRKY蛋白分为3大类,第Ⅰ类有6个,第Ⅱ类有31个,第Ⅲ类有4个;同一类CcWRKY蛋白结构域高度保守,大多CcWRKY基因外显子数量为3-7,内含子数量为2-6.表达分析结果 为,除了保守结构域高度缺失的CcWRKY38、CcWRKY40外,所有的CcWRKY都至少在一个组织中有表达,且多数是特异性表达.结论 全面分析了黄连基因组中的WRKY基因家族,有助于进一步解析WRKY基因家族在黄连生物碱生物合成途径的调控机制.

刘微、蒋莉萍、池玉洁、刘义飞、陈士林、刘迪

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湖北中医药大学药学院 武汉 430065

中国中医科学院中药研究所 北京 100700

黄连 WRKY基因家族 基因鉴定 生物信息学分析 表达谱

国家自然科学基金青年科学基金国家科技部国家重点研发计划中药多组学方法创新及新品种选育研究项目

321002992019YFC1711100

2022

10.11842/wst.20211110022

世界科学技术-中医药现代化
中科院科技政策与管理科学研究所，中国高技术产业发展促进会

世界科学技术-中医药现代化

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.175
ISSN：1674-3849
年,卷(期)：2022.24(4)
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