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马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析

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利用RT-PCR方法从马铃薯(Solanum tuberosum)茎段总RNA中扩增、克隆amyA1基因(NCBI登录号GQ406048.1).采用半定量RT-PCR方法检测amyA1基因在马铃薯茎、叶等不同组织中的表达强度,表明在茎组织中的表达丰度略高.利用生物信息学软件分析amyA1密码子的偏好性;同时对AmyA1氨基酸的理化性质、细胞内定位、保守结构及高级结构进行预测.基于NCBI数据库中有物种代表性的29种α-淀粉酶基因序列构建了基因进化树.amyA1基因伞长1224bp,可编码一条理论分子质最为46.40kD、407个氨基酸残基组成的、可能为亲水性的胞外酶.与NCBI已登记的马铃薯α-淀粉酶基因(登录号M79328.1)核苷酸及氨基酸序列同源性达98%.第20～348位点范围内的氨基酸残基含有与淀粉酶13家族及亚家族相似的催化活性域(PF00128、SM00624),第349~407位点范围内的氨基酸残基含有α-淀粉酶C-末端β折叠区域(PF07821).蛋白质结构预测表明氨基酸残基序列有维持淀粉酶活性的(β/α)8桶状结构以及其他儿个功能域结构.所构建的荩因进化树表明,两个马铃薯α-淀粉酶基因与木薯、苹果的序列同源性较高,与菜豆的次之,与水稻、大麦、玉米等单子叶植物的序列同源性较低.
Cloning and Sequence Analysis of Potato α-Amylase Gene

王永刚、马建忠、马雪青、周贤婧、李昆鹏、赵虎彪

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兰州理工大学生命科学与工程学院,甘肃兰州,730050

马铃薯 α-淀粉酶基因 克隆 生物信息学

兰州理工大学博士启动基金兰州市科技局工业科技攻关及产业化项目

07-02-44

2010

食品科学
北京食品科学研究院

食品科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.327
ISSN：1002-6630
年,卷(期)：2010.31(19)
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