摘要
通过PacBio RS Ⅱ测序平台,对在腐败冷鲜鸡肉中分离到的1株莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi NMC25)进行基因组完成图测序,并对测序数据进行组装、基因预测和功能注释.同时与已公布全基因组序列的铜绿假单胞菌PAO1(Paeruginosa PAO1)、恶臭假单胞菌KT2440(P.putida KT2440)和荧光假单胞菌F113(P.fluorescens F113)及另外2株莓实假单胞菌分离株(P121和NRRLB-727)进行初步比较基因组分析.结果 显示NMC25菌株基因组大小为5.15213Mb,GC含量为59.21％,包含1个染色体和3个质粒.通过对COG、GO、KEGG和CAZy数据库的比对分析发现基因组中包含大量致腐相关基因.比较基因组结果表明莓实假单胞菌NMC25与其他3种假单胞菌的共线性序列比例较小,而同种之间与P.fragi P121的共线性比例也不足70％,说明不同环境来源的莓实假单胞菌分离株基因组存在较大差异.本研究结果从基因水平上证明了莓实假单胞菌NMC25确实有较强的致腐潜力,有助于深入了解莓实假单胞菌的代谢特征,为今后阐明其对冷鲜鸡肉的致腐机制提供理论支撑.
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