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基于二代测序技术的玉米内标准基因扩增子的筛选与评估

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通过对先前研究报道的7 个内标准基因的核苷酸序列分析,设计13 个扩增区域(扩增子);利用208 个普通玉米品种(系)对这13 个扩增子进行高通量测序与分析,并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估,以获得合适的基于二代测序技术定量检测玉米DNA含量或拷贝数的内标准基因扩增子.结果显示,7个内标准基因的13 个扩增子在208 个玉米样品中的检出率为94.7％～100％,而在水稻、大豆、棉花、白菜等25 个非玉米样品中均未被检出,基本符合内标准基因种内高度一致与种间高度特异的标准;种内保守性分析显示E3-UBI-1扩增子不含单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel),而剩余12 个扩增子至少含有一个SNP或InDel;稳定性分析结果显示最不稳定的内标准基因扩增子是I VR,最稳定的是ADH1-2;它们的动态检测范围为0.2～200 ng.综合上述结果,ADH1-2与E3-UBI-1比较适合作为二代测序技术平台中定量检测玉米DNA含量或转基因玉米成分的内标准基因扩增子.
Screening and Evaluation of Amplicons of Maize Endogenous Reference Genes Based on Next-Generation Sequencing Technology

Zea maysnext-generation sequencingendogenous reference genequantitative detectionstability

陈利红、周俊飞、梁晋刚、李甜甜、王颢潜、方治伟、陈红、彭海

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江汉大学生命科学学院,湖北武汉 430056

农业农村部科技发展中心,北京 100176

玉米 二代测序 内标准基因 定量检测 稳定性

农业生物育种重大项目湖北省自然科学基金面上项目武汉市科技局应用基础前沿专项

2022ZD040202021CFB5632020020601012234

2023

10.7506/spkx1002-6630-20221101-006

食品科学
北京食品科学研究院

食品科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.327
ISSN：1002-6630
年,卷(期)：2023.44(20)
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