自然发酵乳食用历史悠久,风味独特并且具有优良的益生作用.与商业化生产发酵乳相比,自然发酵乳具有微生物资源构成更为多样、发酵过程更加复杂等优点,但家庭化的生产方式导致自然发酵乳质量安全难以保证,阻碍其工业化生产.基于高通量检测技术的快速发展,多组学技术为解析自然发酵乳中微生物物种和代谢多样性、差异基因的检测、转录、表达及微生物资源开发利用提供了有效的手段.本文简述了培养组学、基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和宏基因组学在国内外自然发酵乳研究中的应用,并指出多组学联用技术在自然发酵乳中应用的前景,以期为自然发酵乳开发利用、品质调控及工业化生产提供可借鉴的思路.