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山羊BMPR-IB基因密码子偏好性及聚类分析

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[目的]利用生物信息学分析山羊BMPR-IB基因密码子使用特征,对不同物种BMPR-IB基因通过不同的聚类方法进行分析.[方法]利用Usage Codon在线程序和CodonW软件分析山羊和其他物种BMPR-IB基因对密码子偏好性的使用情况,通过欧式平方距离和最小进化法分别进行聚类分析.[结果]山羊BMPR-IB基因无G/C碱基的使用倾向,GCC、CTG、CAG、CCC、AGA、AGT、GTG和TGA为山羊BMPR-IB基因的偏好密码子,其余53种密码子的使用较为均衡.通过最小进化法建立起来的不同物种间的系统发育分析结果与动物学分类一致,且不同物种BMPR-IB基因编码蛋白表达水平存在种属差异.[结论] BMPR-IB基因偏爱使用以A或T结尾的密码子,基于欧式距离系数建立起来的聚类和最大似然法构建的聚类不一致,造成这种差异的原因可能是在进化过程中单基因突变所引起的.
Codon bias and cluster analysis of goat BMPR-IB gene

杨佳栋、刘月琴、张英杰

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河北农业大学动物科技学院,河北保定071000

BMPR-IB 山羊 密码子偏好性 系统发育分析

国家现代农业产业技术体系项目-绒毛用羊产业技术体系

CARS-40-04B

2017

10.16519/j.cnki.1004-311x.2017.02.0025

生物技术
黑龙江省微生物学会 黑龙江省生物工程学会 黑龙江省科学院微生物研究所

生物技术

CSTPCD
影响因子：0.611
ISSN：1004-311X
年,卷(期)：2017.27(2)
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