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石斑鱼属鱼类线粒体基因组序列特征及系统发育信息评估

Mitochondrial genome characteristics and phylogenetic information of genus Epinephelus (Perciformes: Serranidae) fishes

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通过生物信息学方法,比较分析了已登录到GenBank中的6条石斑鱼和1条豹纹鳃棘鲈的线粒体基因组序列,初步揭示了石斑鱼属线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因、差异位点、选择压力及系统发育等信息.结果表明:1)与大多数脊椎动物一样,石斑鱼属鱼类线粒体基因组均编码37个基因,基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致,其中,基因差异位点比例最大为ND6(33.9％),16SrRNA的差异位点比例最小(13.5％)；2)6条石斑鱼线粒体基因组中,所有13个蛋白质编码基因的Tajima's D检测均为不显著的负值,且Ka/Ks均远小于1,都显示出较强的净化选择作用；3)结合分子系统树的置信度和与序列的信息量,对石斑鱼线粒体13个蛋白质编码基因在属内种间的系统进化分析能力进行了评估,结果表明Cytb和ND2基因是理想的分子标记.
The structure and organization of mitochondrial genomes of six species of Epinephelus and one Plectropomus leopardus samples were analyzed using bioinformatics method.The basic characteristics including protein coding genes,different loci,selection pressure and phylogenetic information were studied in detail.The results showed that mitochondrial genome composition and gene order was consistent with other teleost fishes.There are 37 standard genes; among all the genes,the ND6 had the largest (33.9％) and 16SrRNA had the smallest (13.5％) genetic differences proportion.13 protein coding genes were mainly acted by purifying selection as dctected by Tajima' s D test,and all of them were influenced by purifying selection (Ka/Ks ＜ 1).Combined with topological structure and bootstrap value sum of phylogenetic tree.Results showed Cytb and ND2 genes as suitable molecular markers for phylogenetic study of Epinephelus fishes.

Epinephelusmitochondrialphylogenetic informationmolecular marker

黄小林、吕国敏、刘付永忠、李涛、蔡云川、马志洲、黄忠

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石斑鱼属 线粒体基因组 系统发育信息 分子标记

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2012TS302012TS312012A0703B201101B04

2013

10.3969/j.issn.2095-1736.2013.03.009

生物学杂志
合肥市科学技术协会

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CSTPCDCSCD
影响因子：0.554
ISSN：2095-1736
年,卷(期)：2013.30(3)
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