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牡蛎诺如病毒多样性研究中病毒富集方法的评估

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牡蛎作为诺如病毒的载体,含有几乎所有的GI型和大部分GII型诺如病毒.为了有利于牡蛎中诺如病毒多样性的研究,对4种常用于宏基因组测序中病毒富集方法(PEG6000沉淀法、超速离心法、过滤法和直接提取法)进行比较评估,将含有GII.4型诺如病毒基因的慢病毒(Lentivirus)加入阴性牡蛎中作为内参,利用反转录荧光定量PCR计算4种方法处理前后Lentivirus的数量,以回收率作为方法评估的指标,并以16S PCR来验证处理后微生物污染情况.重复本实验得到的两次结果均显示这4种方法回收率无明显差异,直接提取法回收率相对较高,但同时也具有较为严重的微生物污染.综合考虑其仍显示较好的优越性,因此直接提取方法更适用于后期牡蛎诺如病毒多样性研究中RNA的提取.
The evaluation of virus enrichment methods for norovirus diversity in oysters

郭萍、潘迎捷、喻勇新

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上海海洋大学 食品学院,上海201306

农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室,上海201306

诺如病毒 牡蛎 直接提取法 多样性研究

国家自然科学基金教育部高等学校博士点基金

3160157020133104110006

2019

10.3969/j.issn.2095-1736.2019.03.104

生物学杂志
合肥市科学技术协会

生物学杂志

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.554
ISSN：2095-1736
年,卷(期)：2019.36(3)
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