学界将已知见《寒山堂曲谱》残本七种划分为甲本和乙本两种系统,但这两种版本系统的先后存在争议.今于北京大学图书馆新见马廉旧藏本,此本有已知版本皆缺失的内容,不仅保留了凡例十八条,总目录,完整的引子、尾声套数章,还保留了商调过曲、商角过曲两部分内容.对比板式和内容可知,马藏本与北大藏十五卷残本实为一书的两部分,两本相加共四十三卷,仅阙五卷,可基本还原《寒山堂曲谱》全貌.通过马藏本,还可确定张谱的版本先后,即甲本系统在前,乙本在后,张大复先考订过曲,后补入引子、犯调、尾声套数.《寒山堂曲谱》驳斥九宫之外又有十三调的说法,以及删去仙吕入双调和商黄调,并为犯调划分专章等做法,对后世曲谱影响深远,具有重要的价值.