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云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性分析

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以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素.结果 表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40％,ENC值＞45的基因有39个,说明密码子偏好以AT结尾,且存在较弱偏性.2)中性绘图分析显示,GC12与GC3的相关系数为0.161 2,相关性不显著,说明密码子第1、第2位与第3位碱基组成存在显著差异.3)ENC绘图结合ENC比值频率表显示,大部分基因距离标准曲线较远,说明密码子偏好性主要受选择的影响.4)PR2-plot分析显示密码子第3位碱基使用频率方面,T＞A,G＞C,说明密码子偏好性受多重因素影响.5)确定UUG、UCA、GCU、AAU、GAU和GGA为最优密码子.综上所述,云南蓝果树叶绿体基因组密码子的使用主要受选择的影响,受其他如突变等因素的影响较弱.
Codon Usage Bias Analysis of Chloroplast Genome in Nyssa yunnanensis

原晓龙、康洪梅、王毅

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云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室,云南昆明650201

云南蓝果树 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择 最优密码子

国家自然科学基金云南省应用基础研究计划

318601772016FD097

2020

10.3969/j.issn.1001-7461.2020.04.05

西北林学院学报
西北农林科技大学

西北林学院学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.078
ISSN：1001-7461
年,卷(期)：2020.35(4)
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