中国细胞生物学学报2019,Vol.41Issue(2) :235-242.

基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

Analysis of Potential Diagnostic and Prognostic Value of the Methylation Levels of RBL1: A Study Based on TCGA Database

潘冉冉 季慧慧 黄天怡 胡豪畅 段世伟
中国细胞生物学学报2019,Vol.41Issue(2) :235-242.

基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

Analysis of Potential Diagnostic and Prognostic Value of the Methylation Levels of RBL1: A Study Based on TCGA Database

潘冉冉 1季慧慧 1黄天怡 1胡豪畅 1段世伟1
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作者信息

  • 1. 宁波大学医学院医学遗传中心,宁波315211
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摘要

视网膜母细胞瘤样蛋白1(RBL1/p105)是视网膜母细胞瘤蛋白质家族的成员之一,RBL1通常被认为是抑癌基因,在细胞增殖、凋亡、分化中发挥重要作用.该文探讨RBL1基因在结肠癌诊断和预后中的作用和可能的机制.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的结肠癌病例资料和芯片数据,筛选RBL1基因差异甲基化位点,并通过Cox回归模型研究甲基化位点与结肠癌患者预后之间的关系.该研究发现,待研究的癌组织RBL1基因启动子甲基化水平高于癌旁组织(0.120士0.012 vs 0.113-4-0.008,P=0.000 04).随后,研究者采用受试者工作特征(ROC)曲线来评价RBL1基因启动子甲基化水平的诊断价值,用曲线下面积(AUC)作为诊断价值的评判标准.研究发现,启动子区甲基化的AUC达到0.732,对应的灵敏度为80.5%、特异度为55.3%.Cox多因素分析结果发现,cg04086771高甲基化是结肠癌患者预后的独立危险因素(P=0.002).该研究通过对TCGA数据库的挖掘,发现RBL1基因启动子区甲基化均值可能与结肠癌发病风险有关,同时RBL1基因的甲基化位点的甲基化水平对结肠癌的预后有影响.

关键词

结肠癌/TCGA/RBL1基因/甲基化/生物标志物/预后

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基金项目

宁波大学王宽诚基金资助的课题()

出版年

2019
中国细胞生物学学报
中国科学院上海生命科学研究院,生物化学与细胞生物学研究所,中国细胞生物学学会

中国细胞生物学学报

CSTPCDCSCD
影响因子:0.554
ISSN:1674-7666
被引量1
参考文献量37
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