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杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用

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该研究主要开发筛选适用于杂交兰的EST-SSR引物,为杂交兰种质资源评价和遗传变异研究等提供可靠的分子标记.该研究对杂交兰进行转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并对不同种质的遗传多样性进行分析.结果 表明,从31 724条杂交兰Unigene中检测出18 603个SSR位点,SSR出现频率为58.64％;SSR位点中的主导类型是单核苷酸重复,占总SSR的65.10％,其次是二核苷酸(23.56％)和三核苷酸(10.76％)重复;优势重复基元为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占总位点的64.72％、13.74％、8.19％和2.51％.利用Primer Premier 5.0共设计了565对SSR引物,从筛选出的64对有效扩增引物中随机选择28对引物,对40份杂交兰种质进行多态性验证与遗传关系分析,其中16对(占57.14％)引物表现出可重复的高多态性,平均多态信息量(PIC)达0.789.基于扩增的多态性SSR信息,40份种质资源可聚为4类,聚类结果与其遗传背景基本一致.该研究印证了转录组测序获得的Unigene是SSR标记开发的有效来源,开发的EST-SSR引物可为杂交兰及近缘种的良种鉴别、遗传图谱构建、分子标记辅助育种及功能基因挖掘等提供有价值的候选标记.
Analysis on SSR Information in Transcriptome and Development of EST-SSR Markers for Hybrid Cymbidium

钟淮钦、林榕燕、林兵、吴建设、樊荣辉、叶秀仙

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福建省农业科学院作物研究所,福建省农业科学院花卉研究中心,福建省特色花卉工程技术研究中心,福州350013

杂交兰 转录组 EST-SSR 多态性

福建省省属公益类科研院所专项福建省省属公益类科研院所专项福建省农业科学院科技创新团队

2018R1026-32017R1026-8 STIT2017-2-9的课题

2020

中国细胞生物学学报
中国科学院上海生命科学研究院,生物化学与细胞生物学研究所,中国细胞生物学学会

中国细胞生物学学报

CSTPCDCSCD
影响因子：0.554
ISSN：1674-7666
年,卷(期)：2020.42(2)
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