畜牧兽医学报2020，Vol.51Issue(6) ：1382-1390.

8株分离自四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株的全基因组特征分析

Whole Genome Analysis of Eight Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Viruses Isolated in Sichuan and Guizhou Provinces

周泷 康润敏 张毅 谢波 于吉锋 李春 张斌 汤承 王红宁
畜牧兽医学报2020，Vol.51Issue(6) ：1382-1390.
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8株分离自四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株的全基因组特征分析

Whole Genome Analysis of Eight Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Viruses Isolated in Sichuan and Guizhou Provinces

周泷 1康润敏 2张毅 3谢波 4于吉锋 2李春 3张斌 5汤承 5王红宁6
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作者信息

  • 1. 西南民族大学生命科学与技术学院,成都610041;四川大学生命科学学院,成都610064
  • 2. 四川省畜牧科学研究院,成都610066
  • 3. 四川省动物疫病预防控制中心,成都610041
  • 4. 成都正大农牧食品有限公司,成都610081
  • 5. 西南民族大学生命科学与技术学院,成都610041
  • 6. 四川大学生命科学学院,成都610064
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摘要

本研究旨在了解近年来我国四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学及遗传变异情况,对该地区2016-2018年间采集的8份PRRSV阳性样品进行病毒分离鉴定和全基因组测序,进一步使用RDP4和Simplot生物软件对全基因序列进行重组分析.结果 显示,8个PRRSV毒株全基组全长为15 010～15 321 nt,毒株间相似性为80.9％0～91.7％.NSP2氨基酸分析结果显示,4个毒株表现出与HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表现出与NADC30毒株一致的131 aa缺失.其中,GZgy17表现为“1+19+29 aa”新型缺失模式.ORF5氨基酸分析显示,3个毒株在33位点出现新型的1 aa缺失.遗传重组分析显示,8个毒株表现出PRRSV-2毒株6种不同谱系(Lineage)间的重组方式,分别如下:1)SCnj16:L8+L1;2)SCxyz17:L1+L5;3) SCya18:L1+L3;4)GZgy17:L8+L3;5)SCcd17和SCN17:L1+L8+L5;6)SCcd16和SCya17:L1 +L8+L3.本研究结果表明,我国四川、贵州地区不仅有多种谱系PRRSV毒株并存,其基因组还出现了复杂的遗传重组现象,具有上述复杂基因组的PRRSV毒株在我国的流行状况值得高度关注.

关键词

猪繁殖与呼吸综合征病毒/病毒分离鉴定/全基因组/缺失/重组

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基金项目

四川省科技计划项目(2016NZ0006)

四川省科技计划项目(2016NYZ0042)

四川省财政运行专项(SASA2014CZYX009)

国家现代农业体系四川创新团队建设(Sccxtd-004)

四川省应用基础项目(2019YJ0561)

四川省科技计划重点研发项目(2018NZ0130)

出版年

2020
畜牧兽医学报
中国畜牧兽医学会

畜牧兽医学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.729
ISSN：0366-6964
被引量5
参考文献量2
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