畜牧兽医学报2020，Vol.51Issue(11) ：2665-2678.DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2020.11.006

鸡胰岛素样生长因子2基因(IGF2)外显子区功能性SNP预测与分析

Prediction and Analysis of Functional SNP on Exon Region of Insulin-like Growth Factor 2 Gene ( IGF2 ) in Chickens

李玉冬 王伟佳 李紫薇 李瑞楚 张长超 王宁 李辉 王守志
畜牧兽医学报2020，Vol.51Issue(11) ：2665-2678.DOI:10.11843/j.issn.0366-6964.2020.11.006
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鸡胰岛素样生长因子2基因(IGF2)外显子区功能性SNP预测与分析

Prediction and Analysis of Functional SNP on Exon Region of Insulin-like Growth Factor 2 Gene ( IGF2 ) in Chickens

李玉冬 1王伟佳 1李紫薇 1李瑞楚 1张长超 1王宁 1李辉 1王守志1
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作者信息

  • 1. 农业农村部鸡遗传育种重点实验室,哈尔滨150030;黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室,哈尔滨150030;东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030
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摘要

旨在采用生物信息学方法筛选鸡IG F2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synon-ymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考.本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点,利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP;使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析;对鸡IG F2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测,并结合M utPred2预测突变可能造成的功能后果;最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构,运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构.结果发现,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)、rs739078786(L31P)、rs736255842(E35G)及rs736800980(V37G)这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能,且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低.多序列比对及保守性分析显示,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)为高度保守并暴露的功能性残基,MutPred2与二级结构分析结果表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降.三级结构分析表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化.综上所述,T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构,可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs.

关键词

鸡/IGF2基因/SNP功能预测/生物信息学

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基金项目

国家自然科学基金面上项目(31572394)

现代农业产业技术体系建设专项(CARS-41)

出版年

2020
畜牧兽医学报
中国畜牧兽医学会

畜牧兽医学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.729
ISSN：0366-6964
被引量8
参考文献量10
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